GenaGrid

Konzorcium

A GenaGrid konzorcium 2008 novemberében a Nemzeti Kutatási és Technológiai Hivatal által (Nemzeti Technológia Program elnevezéssel) kiírt pályázat keretében 4 évre támogatást nyert a „Bioinformatikai szolgáltatás genetikai asszociációs vizsgálatokhoz nagyteljesítményű GRID-állomáson” című, GENAGRID azonosítóval rendelkező pályázatával. A konzorcium tagjai:

• Semmelweis Egyetem
• Budapesti Műszaki és Gazdaságtudományi Egyetem
• MTA KFKI Részecske- és Magfizikai Kutatóintézet
• Silicon Computers Számítógép Kereskedelmi Kft.
• Csertex Kereskedelmi és Szolgáltató Kft.

Az Abiomics Europe Kft. a GenaGrid konzorcium szerződött hasznosító vállalata, a kifejlesztett szellemi termékekre és technológiákra korlátlan és kizárólagos hasznosítási joggal rendelkezik, valamint a konzorcium számára üzletfejlesztést, piackutatást és marketing tevékenységet végez.

A GenaGrid kutatócsoport rendelkezik egy genetikai mérések elvégzésére alkalmas laboratóriummal és Magyarország legnagyobb élettudományi kutatások számára dedikált, 512 processzoros szuperszámítógépével (2010 március).

„A projekt céljai a következő témák köré csoportosulnak:
• az orvosbiológiai célok közé tartozik a genotipizáló mérések előkészítésének fejlesztése, a genotípus adatok elemzése, a genetikai variációk integrált elemzésének fejlesztése, mikroRNS és génexpressziós adatok elemzése, valamint az eredmények modell alapú, tudásgazdag interpretációja.
• A farmakogenomikai cél a tudásalapú gyógyszertervezés, különleges figyelmet szentelve az információk (kemoinformatikaitól egészen a bioinformatikaiig) valószínűségi fúziójának, beleértve a GA (genetikai asszociációs) kutatások eredményét is.
• Az orvosi célok között szerepel a klinikai-genetikusi munka támogatása. Ezt a tevékenységet kereskedelmileg elérhető genotípus adatokra alapozzuk, ami magába foglalja az automatikus információgyűjtést, kézi ellenőrzést, riport generálást, és betegség specifikus, valamint általános genotipizáló eszközök fejlesztését a Magyar/EU/EEU populációra fokuszálva.
Munkánk a fentiek mellett foglalkozik a kiegyensúlyozott és szervezett információszolgáltatással, a kereskedelmi forgalomban elérhető személyi genotípus információ témakörében; különös tekintettel az asztma és az allergia esetében.
A tudásmérnöki és statisztikai célok a nagyon nagy méretű valószínűségi adatbázisokon és döntési hálókon alapuló hatékony következtetés; a robusztus statisztikai eljárások fejlesztése asszociációs kísérletekhez és génregulációs hálózatok tanulásához; továbbá olyan eljárások fejlesztése, melyek felhasználják az adatelemzések eredményeit és az előzetes tárgyi tudást képesek beleilleszteni. A nagyhatékonyságú számítások célja a saját és külső forrásból származó eljárások specializálásának vizsgálata - mely eljárások célja a masszívan párhuzamos grid alapú környezetben és FPGA-n (Field-Programmable Gate Arrays) történő futtathatóság. El akarjuk érni a GAS (gene association study) kísérletekhez köthető adatbázisok és szolgáltatások grid környezethez adaptálását is. Ezen felül cél egy olyan szolgáltatás kifejlesztése, melyet eddig a témában tapasztalatlan felhasználók is könnyen kezelhetnek.”