In Silico

Biomarker keresés

A biomarker keresés alapvető célja olyan indikátorok azonosítása, melyek egy értéke jelzi egy adott betegség vagy rendellenes állapot fennállását. Vizsgált vegyületek, komponensek sokasága közül a molekuláris biomarker(ek) identifikálása megfeleltethető a számítástudomány illetve a gépi tanulás területén ismert jegykiválasztási problémának. Ez a következőképp definiálható: adott egy célváltozó (pl.: egy betegségstátusz leírása) és vizsgált jegyek halmaza (pl.: klinikai paraméterek, proteomikai, genomikai vizsgálatok eredményei, stb.). A jegykiválasztás lényege, hogy valamilyen módszerrel a célváltozó szempontjából releváns jegyeket azonosítsa, tehát azokat, melyek értéke alapján következtetni lehet a célváltozó állapotára.

Az általunk alkalmazott metodológia valószínűségi megközelítésen nyugszik, amely a Bayes-hálók strukturális tulajdonságaira épít. E módszer az egyes entitásokhoz valószínűségi értéket rendel, amely a relevanciájának a mértékét adja meg. Egy lényeges tulajdonsága, hogy a valószínűségi érték az entitás rendszerbiológiai szintjétől függően felfelé terjeszthető, tehát például megvizsgálható, hogy egy genotipizálás révén lemért SNP relevanciája mit jelent gének, illetve útvonalak szintjén. Ebben a kontextusban tehát az erősen releváns entitások tekinthetők biomarkernek.