In Silico
Szuperszámítógép
Az általunk nyújtott szolgáltatások – adatelemzés, statisztikai alapú szövegbányászat stb. – olyan számítási szükségleteket igényelnek, melyek kielégítésére kiemelkedő számítási kapacitásra van szükség. Ezzel párhuzamosan az újgenerációs szekvenálásból és a szövegbányászatból származó adatok mennyisége a biotechnológia fejlődésének gyorsulása mellett a hagyományos eszközökkel feldolgozhatatlanná vált. A fent említett igényeknek megfelelően a GenaGrid projekt keretében egy SGI Altix ICE ( http://www.genagrid.hu/altixice/) szuperszámítógép került beszerzésre, amely az egyik legnagyobb hazai szuperszámítógép.
A rendelkezésre álló infrastruktúra teljesítményét alapvetően két megközelítéssel használhatjuk ki:
- Független számítások párhuzamos indítása – ebben az esetben tipikusan parameter study típusú futtatásokról van szó, a feladatok szétosztását saját fejlesztésű szoftverünk a Condor• Független számítások párhuzamos indítása – ebben az esetben tipikusan parameter study típusú futtatásokról van szó, a feladatok szétosztását saját fejlesztésű szoftverünk a Condor (http://www.cs.wisc.edu/condor/) jobkiosztóra épülve végzi el.
- Kód szintű párhuzamosítás – az általunk végzett tesztek alapján az alkalmazott OpenMP (http://openmp.org/) és MPI (http://www.open-mpi.org/) megoldások a következő két esetben eltérő hatékonysággal hasznosíthatóak
- Blade-ek közti kommunikáció esetén (a szálaknak nincs közös memóriaterülete) a Message Passing Library (MPI) kézenfekvő megoldás.
- SMP (symmetric multiprocessing) alkalmazás esetén – a párhuzamosan futtatott szálak közvetlen eléréssel rendelkezek azonos memóriaterületre – az OpenMP, programozhatósága és a kisebb kommunikációs overhead miatt a preferált megoldás.
